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インフルエンザウイルスはウイルス粒子の核蛋白と膜蛋白の違いで、A・B・C型の3つに大別できます。その中でもA型はさらに、ウイルス粒子表面の赤血球凝集素(H)とノイラミニダーゼ(N)という突起物の違いで多くの亜型に分けられています。
現在までにHは15種類、Nは9種類が報告されており、これらが色々な組み合わせで、ヒトや、ブタ、トリなどに広く分布しています。いままでの流行からみると、H1、H2、H3はヒトの間で感染が起こり、流行するインフルエンザ株となることが知られています。また同じ種類でもマイナーチェンジが起こる事もあります。
最近ではヒトに流行しているインフルエンザウイルスは、A型では、H1N1型（ソ連型）、H3N2型（香港型）及びB型です。ちなみに今年度のインフルエンザワクチンは、これらの株に対応しています。
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