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臨床医学では呼吸とは、酸素を取り入れて二酸化炭素を排出する行為ですが、基礎医学では少し意味合いが違います。
そもそも呼吸とは、細胞内でエネルギーを作り出す事をいいます。体の中では種々の化学反応が起こっており、物質の分解・合成によって生命活動が営まれています。この分解・合成の過程を代謝といいます。
生物が利用する事のできるエネルギー源は、糖・脂肪・蛋白質ですが、細胞の代謝の化学反応を進ませる為の化学的なエネルギー源は、高エネルギーリン酸化合物（ATP）です。ATPの介在によって、細胞内では、いろいろな化学物質が合成・分解されて、この代謝産物を細胞が利用しています。
呼吸とは、取り入れた酸素によって化学物質が酸化される過程でATPが作られる事です。最終的には、とりいれた酸素は水素と結合して水になります。細胞内で呼吸が行われている場所は、ミトコンドリアです。
呼吸という酸素を取り入れる行為は、実は細胞レベルでみると、生体内の化学反応を進ませるためのエネルギー（ATP）を作る行為なのです。
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